Shung Tsung, yenilgisinin ardından bu durumu kabullenemeyerek Tarkatan ordusunu Baraka komutasında Wu Shi Akademisi'ni kuşatmakla görevlendirir. Bu sırada, Earthrealm'i kurtaran kahramanlar Liu Kang, Johnny Cage, Kung Lao ve Sonya Blade için akademide bir ödül töreni düzenlenir. Tören esnasında kuşatma başlar ve dört kahraman akademiyi savunmaya koyulur. Ancak Sonya Blade kaçırılır, Shaolin öğrencilerinin çoğu hayatını kaybeder. Hayatta kalan Liu Kang ve Kung Lao, arkadaşlarını kurtarmak ve intikam almak için mücadeleye devam eder.
James Remar