X-Men topluluğu, bu bölümde ilk kez önemli bir seçimle karşı karşıya kalır. Yeni geliştirilen tedavi yöntemi, mutantlara normal insanlar gibi yaşama şansı sunmaktadır. Ancak bu durum, mutant liderleri Charles Xavier ile Magneto arasında derin bir fikir ayrılığına yol açar. İkili, mutantları insanlardan ayıran benzersiz özelliklerin korunup korunmaması gerektiği konusunda karşı karşıya gelir. Bu anlaşmazlık, mutantlar arasında kaçınılmaz bir çatışmanın zeminini hazırlar.
